Im Gegensatz zu anderen Kreisstädten hatte die Gründung eines Museums in Bergen lange auf sich warten lassen. Erst nach der Wende, im Jahr 1992, sollte der Wunsch vieler Bürger nach einem Museum in Erfüllung gehen. Sie wollten die Identität ihrer Stadt, eingebettet in die Geschichte der Insel Rügen, sichtbar machen.
Im Jahr 1992 bezog die erste Ausstellung eine ehemalige kleine Wohnung in einem der alten Stiftsgebäude im Klosterhof. Die erste Ausstellung erstreckte sich auf drei Räume. Ingrid Schmidt als Museumsleiterin war unermüdlich darum besorgt die Sammlung durch Spenden und Ankäufe zu erweitern. In diesem Sinne waren und sind die Leihgaben anderer Museen, der evangelischen Kirchengemeinde Bergen auf Rügen und diverser Privatpersonen von überaus wichtiger Bedeutung für das Stadtmuseum. Anders als manche andere museale Einrichtung konnte sie nicht auf einen vorhandenen Fundus von Objekten aufbauen. Die Sammlung nahm ihren Anfang mit einer alten Glocke und einem nachgebauten Morgenstern. Alles andere musste neu angeschafft, angefragt oder ausgeliehen werden.
Das neue Museum sollte mehr sein als eine Heimatstube. Von Anfang an umfasste das Sammlungs- und Ausstellungskonzept den Gedanken, dass die Historie der Stadt Bergen auf Rügen nur im Zusammenspiel mit der Geschichte Rügens verstanden werden könne. Die erste Dauerausstellung präsentierte Themen wie die Fürstengeschlechter Rügens oder die Klostergeschichte Bergens- dies wäre aber ohne die Bereitstellung von Leihgaben der evangelischen Kirchengemeinde Bergen auf Rügen oder des Stralsund Museums nicht möglich gewesen.
Seit 2001 befindet sich das Stadtmuseum nun in einem der sanierten und restaurierten barocken Stiftsgebäude im Klosterhof in unmittelbarer Nähe zur Sankt Marien Kirche.
Die Sammlung umfasst vielfach unterschiedliche Objekte, die heute noch nicht in der
Ausstellung gezeigt werden können, aber als Zeugnisse vergangener Zeiten sorgfältig bewahrt und gesichert werden müssen, damit sie auch für spätere Generationen erhalten
bleiben.
Aus der Anfangszeit des Stadtmuseums: Ein Hinweis auf das nahegelegene Stadtmuseum im Jahr 1993.